CILJI

V Zbirki industrijskih mikroorganizmov (ZIM) danes ohranjamo več kot 4200 mikroorganizmov, ki smo jih sistematično izolirali v zadnjih 30 letih iz tradicionalnih slovenskih živil, surovin, iz katerih le-te pridobivamo, ter iz naravnih habitatov Slovenije.

Na področju raziskovalnega in razvojnega dela se osredotočamo na izolacijo in karakterizacijo kvasovk, mlečnokislinskih bakterij, bifidobakterij in patogenov, ki se prenašajo s hrano. Poleg izdajanja mikroorganizmov so glavni cilji zbirke podpora znanstveno-raziskovalnemu delu, izraba biotske raznovrstnosti za razvoj novih bioprocesov in podpora učnemu procesu rokovanja z mikroorganizmi na različnih stopnjah izobraževanja.

Večino sevov Zbirke industrijskih mikroorganizmov smo identificirali s sodobnimi molekularno-biološkimi metodami, izmed katerih smo se v zadnjih 10 letih osredotočili na sekvenciranje informativnih regij DNA, katerih zaporedja so na voljo tudi preko spletnega kataloga. Kot ex situ konservatorij mikrobne raznolikosti smo uresničili priporočila OECD glede upravljanja zbirk kultur. Obsežna podatkovna zbirka mikrobnih virov obsega informacije o izolaciji in geografski lokaciji, gostitelju in substratu, fenotipskih lastnostih in genomske podatke.

ZIM predstavlja infrastrukturno podporo za različne skupine mikroorganizmov in ob strokovnih analizah svetujemo o težavah s področja mikrobiologije in živilske tehnologije. Ponuja različne storitve, vključno z identifikacijo in karakterizacijo kultur ter sprejem kultur za javni ali varni depozit.

ZGODOVINA

Zbirko industrijskih mikroorganizmov (ZIM) je leta 1991 na Biotehniški fakulteti ustanovil profesor Peter Raspor, ki je sistematično katalogiziral mikroorganizme, deponirane v različnih laboratorijskih zbirkah. Izmed teh je bila največja zbirka kvasovk, ki jo je kmalu po ustanovitvi Oddelka za agronomijo leta 1947 začel graditi profesor Aleksander Konjajev.

Le-ta se je tako ob ustanovitvi Oddelka za živilsko tehnologijo leta 1960 močno razširila. Kasneje je staro zbirko obogatila še zbirka vinskih kvasovk, ki jih je izolirala in okarakterizirala profesorica Slavica Šikovec. V zadnjih petnajstih letih smo zbirko ZIM obogatili preko številnih projektov, katerih cilj je bil zbiranje in shranjevanje slovenskih vinskih in pivskih kvasovk, odkrivanje novih vrst kvasovk iz okolja oljk ter ohranjanje biotske pestrosti kvasovk in mlečnokislinskih bakterij iz mlečnih izdelkov držav Zahodnega Balkana. Zbirko smo razširili tudi z bakterijskimi izolati, in sicer z ocetnokislinskimi bakterijami iz slovenskega kisa in z bakterijami, ki povzročajo bolezni povzročene s hrano (Campylobacter, Pseudomonas).

Nazadnje smo zbirko občutno obogatili v letu 2018 in sicer s sevi fermentirajočih kvasovk iz vinogradov in okoliških naravnih habitatov Vipavske doline, ki jih je zbral profesor Jure Piškur s sodelavci. Zbirko ZIM je do upokojitve leta 2014 vodil profesor Peter Raspor, ko je vodenje prevzela kuratorica Neža Čadež. Zbirka ZIM je locirana tudi na Oddelku za zootehniko,Inštitutu za mlekarstvo in probiotike, kjer jo vodi dr. Bojana Bogovič-Matijašić. Vsebuje mlečnokislinske bakterije in bifidobakterije, osamljene iz različnih okolij kot so fermentirana živila, na osnovi mleka ali drugih surovin, iz humanega mleka, iz mleka različnih živalskih vrst in iz črevesja otrok.

Prvi Katalog biokultur je izšel leta 1995 v tiskani obliki (Raspor in sod., COBISS.SI-ID – 51376896), od leta 2020 pa je dostopen kot iskalnik preko spleta (Neža Čadež in sod., COBISS.SI-ID).

ŠTUDENTI

V zadnjih nekaj letih je veliko študentov med svojim študijem mikrobiologije, živilske tehnologije in biotehnologije ali na izmenjavi programa Erasmus+ pomagalo pri identifikaciji kultur s sekvenciranjem:

Petra Doušova, Maša Hribar, Ines Jerovšek, Viktorija Jovanova, Lea Kastelec, Katarina Krajnik, Anja Krivec, Mojca Likar, Neža Mandl, Mateja Mervič, Martina Podgoršek, Janja Pukmajster, Hana Šuranska, Urška Vrhovnik, Klavdija Žerdoner.